Wie der Name bereits verrät, wird die Naturlandschaft im Bayerischen Jura ganz wesentlich von den Gesteinsformationen des Jura bestimmt. Der große Naturforscher Alexander von Humboldt benannte 1795 ursprünglich Kalkgebiete der Schweiz mit diesem Namen, 1829 wurde dieser dann durch den französischen Geologen Brogniart als geologischer Zeitraum übernommen.
Sucht man nach dem Ursprung des Wortes "Jura", stößt man auf die Kelten, in deren Wortschatz es "Berg" oder "Waldgebirge" bedeutete. Die Ursprünge des Wortes "Alb" reichen ins Alteuropäische zurück und entsprechen dem Wort für "weiß". Für die Kelten stand der Begriff bereits für das "weiße Gebirge".
Wie keine andere Periode der Erdgeschichte steht der Jura heute namensgebend für ganze Landstriche, so auch für den Frankenjura. Häufig spricht man auch von der Frankenalb und meint damit den Naturraum, in welchem sich die abwechslungsreiche Mittelgebirgslandschaft der Gebietsgemeinschaft Bayerischer Jura zu großen Teilen befindet.
